Organisasi Psikosomatik di Indonesia dirintis sejak tahun 1996 oleh Subbagian (saat ini; Divisi) Psikosomatik, Bagian Ilmu Penyakit Dalam FKUI/RSUPN-CM yang mengacu pada organisasi Internasional Psikosomatik yaitu International College of Psychosomatic Medicine.

Setelah mengikuti Kongres Psikosomatik Dunia ke-14 di Australia pada tahun 1997 dan kemudian mengadakan pertemuan dengan para sejawat dilingkungan Ilmu Penyakit Dalam dan diluar lingkungan Ilmu Penyakit Dalam, baik itu di FKUI/RSUPN-CM maupun diluar lingkungan FKUI/RSUPN-CM serta bagian lain yang berminat terhadap perkembangan Psikosomatik Indonesia, maka dibentuklah organisasi Psikosomatik Indonesia yang disebut Perhimpunan Kedokteran Psikosomatik Indonesia (PKPI) pada tahun 2000 di Jakarta.

Perhimpunan Kedokteran Psikosomatik Indonesia (PKPI) yang merupakan perhimpunan seminat sebagai wadah berbagai disiplin ilmu kedokteran dan kesehatan yang mempunyai minat sama, yaitu mengembangkan pelayanan dan penelitian di bidang Psikosomatik dengan tujuan utama mengembangkan dan memajukan pengetahuan dalam bidang Psikosomatik baik teori maupun praktek dalam arti yang seluas-luasnya.